El programa de doctorado en Biología Funcional y Biotecnología de la Universidad de Alcalá establece un marco amplio para la realización de tesis doctorales para la ampliación del conocimiento en los aspectos funcionales de los seres vivos a todos los niveles de organización biológica: microorganismos, hongos, plantas y animales y de aproximación analítica: molecular, celular, individual, poblacional y taxonómica, así como las aplicaciones biotecnológicas derivadas de estos estudios especialmente en los ámbitos de la salud, mejora genética y alimentación humanas. El Programa es coherente con las líneas de investigación de los equipos participantes.